Le Conseil a été rappelé à Trente pour la deuxième session en 1551. Sur l'insistance de Charles Quint, les protestants ont été invités à y assister. Les protestants sont venus avec deux demandes:
1) Tous les évêques devraient être relevés du serment d'obéissance à la papauté.
2) L'autorité des conseils devrait être rendue supérieure à la papauté.
De toute évidence, cela était inacceptable pour l'Église, mais la deuxième session a déclaré que
- les pèlerinages et les pénitences devaient être maintenus
- la doctrine de la transsubstantiation a été affirmée
- la communion sous les deux formes a été condamnée ainsi que d'autres aspects de la vision protestante de l'Eucharistie.
C'était un camouflet évident contre les protestants et cela a également conduit à une augmentation du pouvoir absolu du pape. La deuxième session s'est terminée en 1552 à la suite de l'effondrement de la position de Charles V en Allemagne et de l'avance menaçante de Maurice de Saxe.
